作者：杨冠骅        摄影：杨冠骅

      杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是一种重要的海洋动物病原菌，在世界海水养殖业特别是鲆鲽鱼类中造成重大的经济损失。

       2017年10月3日，美国微生物学会权威期刊mBio（2017,8(5): e01581-17）在线发表公司的研究成果。科研人员利用转座元件构建突变株文库，使用突变株文库对大菱鲆进行腹腔感染，在感染的不同阶段进行回收突变株，利用高通量测序进行对文库中突变株的丰度变化进行检测。实验结果显示已知的三型和六型分泌系统在感染初期并非必需基因，而到感染后期成为条件必需基因。本研究的创新点在于对Tn-seq技术进行改进，开发出了多时间点的聚类分析方法(PACE, Pattern Analysis of Conditional Essentiality)。使用该方法，可以对突变株在多个时间点的动态变化过程进行分类，并在全基因组范围内评价每个编码基因（位点）对于该菌在体内感染过程的贡献。同时，利用已知减毒活疫苗靶点基因的动态模型，寻找到了新的优良候选疫苗靶点基因，为疫苗理性设计提供了新的思路。  

      此项研究中公司生物反应器工程国家重点实验室为第一完成单位，博士研究生杨冠骅为论文的第一作者，青年教师王启要教授为论文的通讯作者。合作单位为海洋科学与技术国家实验室、美国哈佛大学和加拿大西部三一学院。在论文完成过程中受到张元兴教授的大力支持。本课题受到国家自然科学基金重点项目和863主题项目经费支持。

图A. 转座子突变株文库测序(Tn-seq)实验流程；

图B. 多时间点Tn-seq必须基因分析与聚类分析流程

文章信息：Yang G, Billings G, Hubbard TP, Park JS, Yin Leung K, Liu Q, Davis BM, Zhang Y, Wang Q*, Waldor MK. Time-Resolved Transposon Insertion Sequencing Reveals Genome-Wide Fitness Dynamics during Infection. mBio 2017, 8(5): e01581-17.