生物工程系是在1954年创建的抗菌素制造工学专业的基础上发展起来的，当时的专业名称为“抗菌素制造工学”。1980年改名为生化工程系，1999年更名为生物工程系。该系被誉为中国抗生素制造人才培养的摇篮，为中国抗生素工业的建立和壮大做出了历史性的贡献。目前，生物工程系所辖生物工程专业在2008年教育部批准为生物工程国家特色专业。生物工程是指利用生物体系，应用先进的生物学和工程技术，为人类提供所需产品或达到某种目的。随着专业的发展，目前在基因工程药物开发，动植物细胞培养、海洋生物技术、发酵工程、生物产品提取纯化、生物医药工程设计等诸多领域开展教研活动。

生物工程系依托生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术中心（上海）。依托生物化工、发酵工程两个博士点，发酵工程、生物化工、微生物学及海洋生物学4个硕士点。科研与教学梯队充满活力，专业教学经过长期实践与提炼形成的“坚持生物学、工程学两个基础，顺应生物工程宽口径的发展与需求，注重培养学生的工程技能和创新能力训练，坚持产学研互动的教学模式，切合高素质生物工程专业人才培养的目标，凸现了公司生物工程人才培养的特色与优势。

经过半个多世纪的发展，生物工程系培养造就了一大批包含院士、知名企业家等,活跃在国内外的生物工程教学、研究、生产领域的专门人才，为我国生物工程产业的发展和壮大做出了贡献，树立了公司生物工程专业在国内外的良好声誉。